El gobierno de la Facultad es ejercido por el Consejo Directivo, el Decano y el Vicedecano. El Consejo Directivo está formado por miembros del cuerpo docente, personal administrativo, estudiantes y egresados, todos ellos elegidos por sus pares y duran dos años en sus funciones. El Decano y el Vice Decano son elegidos por el Consejo Directivo y permanecen tres años en sus cargos.

La Facultad está constituida por seis
Departamentos Académicos:
Bioquímica, Farmacia, Farmacología, Físico Química, Química Biológica y Química Orgánica. También pertenecen a la Facultad la Unidad de Matemática y Física y el Centro de Química Aplicada (CEQUIMAP).

Los actos administrativos y académicos de cada Unidad están dirigidos por un Consejo Departamental junto con un Director y un Director alterno.

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