En el marco de los proyectos y subsidios de investigación que se ejecutan en la FCQ, estudiantes de posgrado desarrollan sus tesis de doctorado mediante becas de investigación. Estas becas son otorgadas de forma competitiva, luego de un concurso de antecedentes a nivel nacional o en la UNC, por instituciones como CONICET (ver convocatorias vigentes) y SECYT-UNC (ver becas aquí). Alternativamente, los y las tesistas pueden acceder a becas asociadas a proyectos de investigación de la Agencia I+D+i (ver becas aquí), de acuerdo a los requerimientos específicos de dichos proyectos publicados en la Bolsa de Becas.
Los estudiantes de grado pueden realizar pasantías de investigación en laboratorios de la FCQ enmarcados en distintos instrumentos. Dentro de las becas destinadas a estudiantes de grado, sobresalen las Becas de Estímulo a las Vocaciones Científicas (EVC) del Consejo Interuniversitario Nacional.