Los proyectos de investigación desarrollados por los y las docentes investigadoras de la FCQ reciben financiamiento de distintas Instituciones de CyT a nivel local, nacional e internacional. En la actualidad, el número de subsidios para proyectos de investigación, desarrollo y transferencia tecnológica de la FCQ supera los 400.
La principal institución financiadora a nivel nacional de proyectos de la FCQ es la Agencia Nacional de Promoción de la Investigación, el Desarrollo Tecnológico y la Innovación, a través de los distintos instrumentos del Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica (FONCYT) como los PICT, PICT Aplicados, PICT Start-up, PIDc así como algunos del Fondo Argentino Sectorial (FONARSEC) y Fondo Tecnológico Argentino (FONTAR). Le sigue CONICET a través de sus Proyectos de Investigación Plurianuales (PIP). A nivel local, los y las investigadoras de la FCQ reciben subsidios mayoritariamente de la SECYT-UNC. Además, las actividades científicas de equipos de la FCQ son financiados por otros organismos provinciales, fundaciones de apoyo la investigación científica e instituciones internacionales como los National Institutes of Health (NIH), Mizutani Foundation, Foro Farmacéutico de las Américas, DAAD, Industria Farmacéutica Wyeth, Fundación Allende Connelly.
Desde el año 2022, la FCQ desarrolla con fondos propios un Programa de Subsidios para la iniciación a la Carrera Científica destinado promover las actividades de I+D desarrolladas por investigadores/as de la Facultad de Ciencias Químicas (FCQ) en las etapas iniciales de su carrera científica mediante el financiamiento de líneas de investigación dirigidas por investigadores/as que no hayan sido previamente titulares de subsidios internacionales, nacionales o locales.