Por convenios entre la UNC y el CONICET, funcionan en el ámbito de la Facultad de Ciencias Químicas varias unidades ejecutoras de ese Consejo.

Centro de Investigación en Química Biológica (CIQUIBIC), conformado por docentes-investigadores del Departamento de Química Biológica.
http://www.ciquibic.gov.ar/

Instituto de Investigaciones en Fisicoquímica de Córdoba (INFIQC), integrado por el personal del Departamento de Fisicoquímica, el Departamento de Matemática y Física y parte de los integrantes del Departamento de Química Orgánica.
http://infiqc.fcq.unc.edu.ar/

Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal (IMBIV)  conformado con docentes-investigadores del Departamento de Química Orgánica y Departamento de Farmacia.
http://imbiv.unc.edu.ar/

Centro de Investigaciones en Bioquímica Clínica e Inmunología (CIBICI) integrado al Departamento de Bioquímica Clínica.
http://cibici.fcq.unc.edu.ar/

Instituto de Farmacología Experimental de Córdoba (IFEC) al Departamento de Farmacología.
http://www.cordoba-conicet.gov.ar/ifec.htm

Todas estas Unidades Ejecutoras conforman el Centro Científico Tecnológico Conicet-Córdoba (http://www.cordoba-conicet.gov.ar), cuyos objetivos son:

1) Representar al CONICET en la región.

2) Supervisar el cumplimiento de las normativas del CONICET.

3) Velar por el cumplimiento de convenios y compromisos del CONICET.

4) Contribuir a interrelacionar las Unidades Ejecutoras y los grupos de investigación en la zona de su inserción.

5) Brindar servicios de apoyo técnico y administrativo prioritariamente a las Unidades Ejecutoras y los grupos de investigación que le estén formalmente vinculados y también a terceros.

6) Articular y mantener relaciones de cooperación y difusión con la comunidad.

Por otro lado, la Facultad de Ciencias Químicas es integrante de institutos de investigación de la UNC en asociación transversal con otras Facultades, favoreciendo la integración multidisciplinaria. Entre ellos se destacan el Instituto Superior de Estudios Ambientales (ISEA http://www.secyt.unc.edu.ar/isea) y el Instituto Superior de Investigación, Desarrollo y Servicios en Alimentos (ISIDSA  http://www.secyt.unc.edu.ar/ISIDSA) integrado conjuntamente con las Facultades de Ciencias Exactas Físicas y Naturales, de Matemática Astronomía y Física, de Agronomía y Ciencias Médicas (Escuela de Nutrición). Ambos institutos son dependientes de la Secretaría de Ciencia y Tecnología de la UNC (http://www.secyt.unc.edu.ar).

Finalmente, por iniciativa de investigadores de la Facultad, y con la intención de amalgamar acciones transversales a varias Facultades, también fue creado el Centro Láser de la UNC con dirección organizativa desde el Departamento de Fisicoquímica. En lo referente a la interacción con institutos de investigación en el ámbito externo a la UNC, la Facultad tiene firmados convenios de colaboración recíproca con dos instituciones de investigación científica importantes de Córdoba: el Instituto de Investigación Mercedes y Martín Ferreyra (INIMEC http://www.immf.uncor.edu) y el Instituto de Fitopatología Vegetal (IFIVE-INTA http://www.inta.gov.ar/iffive).